主要有物理活性水质底质改良剂、化学活性水质底质改良剂和微生态制剂。三者在生产中有的联合应用，有的单一使用。

物理活性水质改良剂

物理活性水质底质改良剂通常具有极大的比表面积，孔隙多，主要靠强吸附性将有毒有害物质吸附到海绵孔隙中，从而达到降低氨氮、硫化氢、亚硝酸盐含量的作用。水产生产常用的有沸石粉、麦饭石、活性碳、明矾等。

化学活性水质底质改良剂

化学活性水质底质改良剂有各种氧化剂、离子交换剂、重金属离子络合剂、絮凝剂等。作用的主要原理：氧化水中的各种离子与水体中的各种离子进行离子交换．以及络合降解为对环境无二次污染的化合物，达到水质底质改良的作用，使用时常常有特异性．对组合配方的其他水质底质改良剂有选择性。

微生态制剂性细菌

目前微生态制剂是水质底质改良剂最多的品种，主要源于其能分解水体中的过量有机物、排泄物、残余饲料等有机氨转变为无害的氮及氧化氮而逸出，从而降低氨氮、亚硝酸盐浓度，矿化塘泥，促进腐化底土的厌氧菌如硫化细菌、硝化细菌、还原菌的代谢作用，降低塘底放出有毒气体含量，净化水质、底质，修复养殖水体微生物生态。常见的微生态制剂有EM菌、光合细菌、枯草芽孢杆菌、硝化菌、反硝化菌、酵母菌、乳酸菌等菌或多种菌的混合制剂。